O clipe da música, dirigido pelo coletivo Shynola, foi premiado com o prêmio de melhor vídeo do ano pela NME Carling e foi o primeiro vídeo da banda a não apresentar nenhuma representação dos membros ou do cantor.

A letra contém uma linha quase idêntica à canção "Clap Hands" de Tom Waits (1985), que, por sua vez, cita o sucesso de 1965 de Shirley Ellis, "The Clapping Song".

Durante as gravações do álbum Kid A, as partes de cordas para "Pyramid Song" foram tocadas pela Orchestra of St. John’s no mesmo dia em que gravaram as cordas para "How to Disappear Completely" e "Dollars & Cents".

Phil Selway inaugurou o ritmo composto e influenciado pelo jazz da faixa utilizando uma técnica que os fãs consideram difícil de discernir, com interpretações variando entre uma subdivisão incomum de 8/8 (3+3+2) ou um ciclo repetitivo de 5/4-4/4-4/4-3/4.

A música estreou ao vivo em 1999 no Tibetan Freedom Concert em Amsterdam, sendo tocada em solo por Thom Yorke ao piano, antes de se tornar parte dos shows da banda em 2000.

Jonny Greenwood toca o Ondes Martenot, um instrumento eletrônico antigo que produz sons semelhantes a sirenes, e também responsável pelas orquestrações de cordas na faixa.