O álbum começa com um som de feedback e uma voz dizendo “Mother Earth is pregnant for the third time”, algo que parecia muito estranho em 1971, mas que ajudou a impulsionar o conceito da Mothership.

A faixa-título, “Maggot Brain”, conta com um solo de guitarra de Eddie Hazel que George Clinton pediu para ser tocado como se “tivesse acabado de perder a mãe”, criando um momento emocional que rivaliza com o trabalho de Jimi Hendrix.